Η πρώτη εμφάνιση του Χατζιδάκι ως συνθέτη πραγματοποιείται το 1944, σε ηλικία 19 ετών, με τη συμμετοχή του στο έργο “Τελευταίος Ασπροκόρακας” του Αλέξη Σολομού, στο Θέατρο Τέχνης του Καρόλου Κουν. Στη σχολή του Θεάτρου Τέχνης, ο Χατζιδάκις θα παρακολουθήσει και μαθήματα υποκριτικής, αν και τελικά ο ίδιος ο Κουν θα τον προτρέψει να αφοσιωθεί αποκλειστικά στη μουσική. Η συνεργασία του με το Θέατρο Τέχνης θα αποδειχθεί ιδιαίτερα παραγωγική και θα διαρκέσει περίπου δεκαπέντε χρόνια. Τέλος, το 1946, καταγράφεται η πρώτη του εργασία για τον κινηματογράφο, στην ταινία Αδούλωτοι Σκλάβοι.

Την περίοδο αυτή, ο Χατζιδάκις ανακαλύπτει το ρεμπέτικο τραγούδι και γίνεται ο πρώτος^[2] που θα το μελετήσει σε βάθος και θα κατανοήσει την αξία του. Στις 31 Ιανουαρίου 1949, σε ηλικία 23 ετών, δίνει στοΘέατρο Τέχνης τη διάσημη πλέον διάλεξη για το ρεμπέτικο τραγούδι^[6].

Το 1950 θα αποτελέσει ιδρυτικό στέλεχος και καλλιτεχνικό διευθυντή του Ελληνικού Χοροδράματος της Ραλλούς Μάνου, όπου παρουσιάζει τα τέσσερα μπαλέτα του, “Μαρσύας” (1950), “Έξι Λαϊκές Ζωγραφιές” (1951), “Το Καταραμένο Φίδι” (1951) και “Ερημιά” (1958). Την ίδια εποχή, η τραγωδός Μαρίκα Κοτοπούλη αναθέτει στον Χατζιδάκι τη σύνθεση της μουσικής για τις “Χοηφόρους” (1950) από την “Ορέστεια” τουΑισχύλου. Το γεγονός αυτό αποτελεί την απαρχή της ενασχόλησης του Χατζιδάκι με το αρχαίο δράμα. Μερικές από τις τραγωδίες και κωμωδίες για τις οποίες θα γράψει μουσική είναι η “Μήδεια” (1956), ο “Κύκλωπας” (1959), οι “Βάκχες” (1962), οι “Εκκλησιάζουσες” (1956), η “Λυσιστράτη” (1957) και οι “Όρνιθες” (1959). Το 1950 ο Χατζιδάκις συνεργάζεται με τον Άγγελο Σικελιανό προκειμένου να συνθέσει τη μουσική για την τελευταία τραγωδία του ποιητή “Ο Θάνατος του Διγενή”.

Την ίδια περίοδο γράφει σημαντικά μουσικά έργα, όπως τα πιανιστικά έργα “Ιονική σουίτα” (1952) και “Για μια μικρή λευκή αχιβάδα” (1947, το πρώτο από 51 έργα που ο ίδιος ξεχωρίζει με ιδιαίτερη αρίθμηση ανάμεσα στο σύνολο της δημιουργίας του ως opus 1) καθώς και τον κύκλο τραγουδιών “Ο Κύκλος του C.N.S.” (1954, αφιερωμένο στον Carlos Novi Sanchez για το θάνατο του κοινού τους φίλου Ετιέν Ρέρυ).